Fakultas Sains dan Teknologi disingkat dengan FST UIN Sumatera Utara berdiri pada tahun 2015, tepatnya pada hari Selasa tanggal 29 Desember 2015 diresmikanlah Fakultas Sains dan Teknologi UIN Sumatera Utara Medan oleh Direktur Perguruan Tinggi Agama Islam Kementerian Agama RI bersama Rektor UIN Sumatera Utara (Alm) Prof.Dr.H. Nur A. Fadhil Lubis, MA dan Dewan Penyantun UIN Sumatera Utara Musa Rajeksyah bertempat di Aula UIN SU Kampus Pancing Medan.
Diawal perkembangannya dengan Dekan Pertama Fakultas Sains dan Teknologi adalah Bapak Prof. Dr. H. Al Rasyidin, M.Ag. telah memiliki lima program Studi sesuai dengan Surat Keputusan Menteri Pendidikan dan Kebudayaan Nomor 273C/P/2014 tertanggal 9 Oktober 2014 tentang Izin Penyelenggaraan Program Studi Pada Universitas Islam Negeri Sumatera Utara Medan, yaitu Ilmu Komputer, Sistem Informasi, Matematika, Biologi dan Fisika.
Pada tahun 2020 Fakultas Sains dan Teknologi dan 5 Progm Studi pindah lokasi ke Kampus IV UIN Sumatera Utara Medan di Deli Serdang. Kampus ini memiliki Saranan dan Prasarana yang lebih maju yang merupakan hibah dan bantu dari Islamic Development Bank